Рассмотрим существующий порядок налогообложения командировочных расходов следующими налогами:

1. НДФЛ;

2. отчисления во внебюджетные фонды

3. налог на прибыль;

4. налог на добавленную стоимость.

В соответствии с п. 3 ст. 217 НК РФ от обложения налогом на доходы физических лиц освобождаются только те расходы, которые могут быть отнесены к компенсационным выплатам, установленным действующим законодательством Российской Федерации.

Компенсационными выплатами признаются следующие расходы на командировки как внутри страны, так и за ее пределами:

1. фактически произведенные и документально подтвержденные целевые расходы на проезд до места назначения и обратно;

2. сборы за услуги аэропортов;

3. комиссионные сборы;

4. расходы на проезд в аэропорт или на вокзал в местах отправления, назначения или пересадок;

5. на провоз багажа;

6. по найму жилого помещения;

7. по оплате услуг связи;

8. по получению и регистрации служебного заграничного паспорта;

9. по получению виз;

10. связанные с обменом наличной валюты или чека в банке на наличную иностранную валюту.

В части суточных следует отметить, что согласно п. 3 ст. 217 НК РФ при возмещении работодателем работнику расходов на командировки как внутри страны, так и за ее пределами в доход, подлежащий обложению НДФЛ, не включаются суточные, выплачиваемые в соответствии с законодательством Российской Федерации, но не более 700 руб. за каждый день нахождения в командировке на территории Российской Федерации и не более 2500 руб. за каждый день нахождения в заграничной командировке.

При непредставлении налогоплательщиком документов, подтверждающих оплату расходов по найму жилого помещения, суммы такой оплаты освобождаются от налогообложения в соответствии с законодательством Российской Федерации, но не более 700 рублей за каждый день нахождения в командировке на территории Российской Федерации и не более 2 500 рублей за каждый день нахождения в заграничной командировке. Аналогичный порядок налогообложения применяется к выплатам, производимым лицам, находящимся во властном или административном подчинении организации, а также членам совета директоров или любого аналогичного органа компании, прибывающим (выезжающим) для участия в заседании совета директоров, правления или другого аналогичного органа этой компании.

Для государственных учреждений финансируемых из федерального бюджета, а так же получивших субсидии для выполнения государственного задания суточные составляют 100 руб. По деятельности приносящей доход может быть установлена сумма выше чем 100 руб.

Согласно Закона РФ от 24.07.2009 № 212-ФЗ О страховых взносах в пенсионный фонд РФ, фонд социального страхования РФ, федеральный фонд обязательного медицинского страхования статьи 9 не подлежат обложению страховыми взносами суточные, а также фактически произведенные и документально подтвержденные целевые расходы на проезд до места назначения и обратно, сборы за услуги аэропортов, комиссионные сборы, расходы на проезд в аэропорт или на вокзал в местах отправления, назначения или пересадок, на провоз багажа, расходы по найму жилого помещения, расходы на оплату услуг связи, сборы за выдачу (получение) и регистрацию служебного заграничного паспорта, сборы за выдачу (получение) виз, а также расходы на обмен наличной валюты или чека в банке на наличную иностранную валюту. При непредставлении документов, подтверждающих оплату расходов по найму жилого помещения, суммы таких расходов освобождаются от обложения страховыми взносами в пределах норм, установленных в соответствии с законодательством Российской Федерации.

По внебюджетной деятельности бюджетные учреждения являются налогоплательщиками налога на прибыль и НДС.

Согласно пп. 12 п. 1 ст. 264 НК РФ учреждения, являющиеся плательщиками налога на прибыль, относят к прочим расходам, фактически произведенные и документально подтвержденные расходы по командировкам.

Согласно п. 7 ст. 171 НК РФ учреждения, являющиеся плательщиками НДС, могут принять к вычету суммы налога, уплаченные по расходам на командировки (по проезду к месту служебной командировки и обратно, включая расходы на пользование в поездах постельными принадлежностями, а также затраты на наем жилого помещения).

Согласно п. 1 ст. 172 НК РФ и п. 10 Постановления Правительства РФ от 02.12.2000 N 914 «Об утверждении Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по налогу на добавленную стоимость» суммы налога принимаются к вычету на основании счетов-фактур. Согласно п. 7 ст. 171 НК РФ суммы НДС, уплаченные по расходам на проезд к месту служебной командировки и обратно, подлежат вычету при исчислении данного налога, который следует уплачивать в бюджет. Для вычета НДС необходимо указать сумму налога в проездном документе (билете).